Varhanní pozitiv je z roku 1700. Zhotovil jej zřejmě příbramský varhanář Ondřej Tadeáš Kochstein. Zčásti byl pozitiv zrestaurován v roce 1999. „Je to historicky velmi cenný nástroj, moc jich takových není. Barokní nepřenosný pozitiv bez pedálů, který jsme převzali ve stavu torza. To znamená v zaprášených krabicích, z toho čouhaly píšťaly,“ řekl ředitel Kulturního střediska města Bechyně Štěpán Ondřich.
Nástroj je momentálně v rukou restaurátora. Kulturní středisko nemá prostředky na opravu, proto vypsalo sbírku. Zatím se podařilo vybrat téměř osmdesát tři tisíc korun. Všichni dárci budou zapsáni do sbírkové knihy, která bude uložena do varhanní skříně. Jména pěti nejštědřejších dárců budou uvedena na pamětní desce u varhan a pojmenují se podle nich i píšťaly.
Nástroj má rozsah pětačtyřiceti tónů. „Prospektové píšťaly byly krásně zdobené (…) Skříň je mimořádně kvalitně a výtvarně pozoruhodně zpracovaná z modřínového dřeva. V původním stavu by patřil k našim nejvýznamnějším památkám svého druhu,“ napsal v červenci 1979 do posudku varhanář Vladimír Šlajch.
Raně barokní kostel sv. Michaela převzalo město loni v lednu od budějovického biskupství. Církev jej městu nabídla sama. Jde o hřbitovní kostel, který byl naposledy opraven v polovině 90. let minulého století. Nelze v něm sloužit mše.
