Tehdy Gardiner nafackoval mladému pěvci Williamu Thomasovi, který po skončení koncertu na Festivalu Berlioz ve francouzském La Côte Saint André odešel z jeviště špatnými dveřmi. John Eliot Gardiner Thomase po představení konfrontoval – dle očitých svědků k němu přistoupil, uštědřil mu políček a poté i ránu do úst, následovala krátká a ostrá slovní přestřelka, načež Thomas odešel. Gardiner následující den opustil Francii, vrátil se do Velké Británie a vydal prohlášení, ve kterém uvedl, že „incidentu hluboce lituje a bezvýhradně se omlouvá za ztrátu sebeovládání.“ Williamu Thomasovi se osobně omluvil. Po konzultaci se svým lékařem se rozhodl nejméně na půl roku zrušit všechna svá další vystoupení a stáhnout se z veřejného života, aby se „mohl soustředit na léčbu“. Gardinerův managament také upozorňoval, že dirigent nedlouho před incidentem změnil medikaci a že ve Francii panovaly v těch dnech extrémní horka, což mohlo vést ke chvilkové ztrátě sebekontroly a zkratu v chování.
V uplynulých měsících podstupoval Gardiner rozsáhlou terapii a další formy poradenství, díky kterým „se dozvěděl mnoho o sobě a svém chování“. Gardiner rozhodnutí správní rady později potvrdil ve svém prohlášení. Odchod z organizace, kterou založil v roce 1964 jako studentský projekt, v jehož čele po šedesát let stál a který proslul nahrávkami Bachovy, Monteverdiho a další barokní hudby, vidí jako příležitost se věnovat nové kapitole svého života a dalším tvůrčím příležitostem. Plánuje se více zaměřit na hostování, nahrávání a také se věnovat psaní.
Někteří mají za to, že vedení MCO mělo dovolit svému zakladateli dobrovolně odstoupit a zachovat si tak tvář a označují jednání představenstva za „kopání do někoho, kdo je na dně“, neboť mnoho z členů rady vděčí „za své postavení a příjmy výhradně Gardinerovi“. Zazněl i názor, že bez Gardinera MCO dlouho nevydrží a že rozhodnutí představenstva je krátkozraké a pravděpodobně sebedestruktivní – organizace nyní bude potřebovat nutně přilákat jinou osobnost se stejnou vizí a vzděláním, Gardinerova zástupce, dirigenta Dinise Sousu nepovažují za plnohodnotnou náhradu.
Další hlasy poukazují na fakt, že pokud vedení opravdu chce definitivně zpřetrhat vazby se zakladatelem souboru, měl by být tento rozpuštěn a založena nová organizace – pokud jsou si jisti kvalitou hudebníků, neměl by být problém přimět posluchače, aby na koncert přišli, aniž by bylo hlavním tahákem jméno zakladatele.
Část hudebníků zveřejnila prohlášení, že jsou nuceným odchodem Johna Eliota Gardinera zarmouceni, svého zakladatele podporují a přejí si jeho návrat (údajně má jít o více než 90% hudebníků, kteří jsou v souboru aktivní).
Také se zdá, že tento spor se netýká již jen Gardinera, ale správní rady MCO a jejího vztahu k hudebníkům, kteří mají oprávněnou obavu o budoucnost souboru. Ta neváhala prohlášení o podpoře Gardinera označit za špinavou kampaň a sabotáž proti organizaci a naopak tvrdí, že naprostá většina hudebníků vyjádřila rozhodnutí rady podporu. Je více než pravděpodobné, že v souboru dojde k určitým personálním změnám a bude otázkou, zda pouhé jméno MCO bude mít pro hudebníky dostatečnou přitažlivost.
Není žádným tajemstvím, že Sir John Eliot Gardiner je povahou cholerik a kontroverzní osobnost. Také je ale velmi náročný a perfekcionistický, nemá rád nekázeň. Mezi hudebníky souboru má přezdívku Jiggy („Pruďas“) odvozenou z akronymu jeho celého jména. Zprávy o podobných incidentech se objevily i v minulosti, nikdy však nepronikly na veřejnost v takové míře. Jednou údajně napadl kulisáka v zákulisí festivalu BBC Proms, když mu oznámil, že ještě nemůže na scénu. Je však třeba také připomenout, že Sir Gardiner za svoji dlouholetou kariéru osobně pomohl mnoha talentovaným mladým umělcům a je jedním z ikonických popularizátorů staré hudby ve světovém měřítku.
