Karel Paukert je znám zejména jako varhaník, ale působí také jako umělecký kurátor, hudební pedagog a hobojista. Po studiích na Pražské konzervatoři ho zásadně ovlivnilo setkání s varhaníkem Gabrielem Verschraegenem. Přes legální vycestování na Island, kde působil jako první hobojista v tamním Národním orchestru, se rozhodl zakotvit v belgickém Gentu na Královské konzervatoři právě ve třídě profesora Verschraegena, kterého později zastupoval jako varhaník v gentské katedrále Svatého Bavona a stal se rovněž jeho asistentem na konzervatoři.
V roce 1964 emigroval do USA. Jeho prvním angažmá ve Spojených státech amerických byla pozice asistenta na Washingtonově univerzitě v Saint Louis. Od roku 1968 do 1974 byl profesorem varhanní hry na Northwestern v Evanstonu v Chicagu, od roku 1974 do 2004 zastával funkci ředitele hudební sekce na Clevelandském Museum of Art. Od roku 1976 vyučoval na Hudebním institutu v Cleevelandu, kde byl rovněž až do nedávna varhaníkem a sbormistrem v kostele sv. Pavla. Po roce 1989 se začal pravidelně vracet do Čech.
V Americe se zasloužil o propagaci české barokní a klasické světské a chrámové hudby a soudobých českých skladatelů. Byl vyznamenán uznáním Americké společnosti skladatelů a nakladatelů za propagaci soudobé hudby (ASCAP), za celoživotní přínos v oblasti hudby obdržel cenu časopisu Northern Ohio Live a uznání „Významný občan” University Heights v Ohiu. Hudební institut v Clevelandu mu udělil titul Doctor honoris causa. V současné době žije v Cleevelandu, vyučuje varhanní hru, koncertuje a píše knihu Paměti, ve které se vrací ke vzpomínkám na dětství a na své hudební kořeny, k osudovým setkáním i touze po svobodě.
