Požár podle hasičů vzniknul přímo na kůru za velkými katedrálními varhanami. Šéf místních hasičů Laurent Ferlay uvedl, že žár kromě naprostého zničení varhan roztříštil i původní vitrážová okna ze 16. století a poškodil obraz z 19. století, který byl vyhotoven v Římě. Statika varhanní empory je vážně narušená a celému kůru hrozí zřícení. Ferlay prohlásil, že střecha nebyla poškozena a oheň se brzy podařilo dostat pod kontrolu. Uvažuje se, že požár byl založen úmyslně a policie případ intenzivně vyšetřuje.
Varhany chrámu Petra a Pavla se datovaly do 17. století a byly místními věřícími nazývány „duší katedrály“. Dvoumanuálový nástroj s 27 registry postavil roku 1619 Jacques Girardet. Nástroj v této podobě přetrval relativně nezměněn následujících 150 let. Roku 1768 jej rozšířil varhanář Adrien Lépine o několik rejstříků, včetně registru „bombardy“ v pedálu.
Kompletní přestavbu varhan provedl pařížský varhanář François-Henri Clicquot v roce 1784. Vybudoval nástroj o 49 rejstřících a pěti manuálech s pedálem o třech oktávách.
Roku 1868 varhany „restaurovala“ firma Merklin-Schütze. Řadu rejstříků přidali a jiné vyměnili. Charakter nástroje se v druhé polovině 19. století zcela proměnil. V 30. letech 20. století byla změněna původní mechanická traktura varhan na penumatickou a v 70. letech byla rejstříková táhla vyměněna za tehdy módní elektrická tlačítka.
Katedrála byla, podobně jako i jiné středověké chrámy, dokončena až koncem 19. století. Hlavní varhany přežily bombardování za druhé světové války i několik požárů, včetně velkého požáru roku 1972, který stavbu připravil o většinu původních dřevěných konstrukcí. Při následné rekonstrukci škod, bylo použito památkově diskutabilního betonu, který však paradoxně pomohl při sobotním požáru zpomalit rozšíření ohně.
„Je to součást naší historie, součást kulturního dědictví,“ uvedla starostka města Johanna Rolland ke škodám na varhanách. „Situace se nedá srovnat s tím, co se stalo roku 1972.“
Tato událost asociuje vzpomínky na požár pařížské katedrály Notre Dame, jejíž krovy zcela vyhořely v dubnu 2019. Na rozdíl od Nantes však vyvázl romantický nástroj Cavaillé-Colla na západním kůru bez vážnějších poškození, stejně jako malé varhany ve chrámové lodi.
