Jaromír Vogel pro svůj soubor o pětasedmdesáti členech Ala Bohemica nejprve upravoval renesanční hudbu, později začal komponovat svou vlastní ve stylu, který sám nazval Inspirenes (inspirováno renesancí).
V posledních letech se věnoval zejména vážné hudbě inspirované biblickou tematikou a klezmerem, tedy světskou židovskou hudbou. Na objednávku Pražské židovské obce napsal například Juditinu píseň, která zazněla u příležitosti znovuotevření Pinkasovy synagogy. V 90. letech založil orchestr Šarbilach, jehož repertoár byl sestavený převážně z jeho autorské hudby v židovském stylu, ale také z jeho úprav lidových židovských melodií.
Od papeže Jana Pavla II. obdržel osobní poděkování a požehnání za Pontifikální preambulum, které mu věnoval při své návštěvě Prahy.
V roce 2006 měla premiéru jeho mše Missa Ecumenica. Dílo v hebrejštině a češtině spojilo latinské a pravoslavné liturgické texty, inspirované žalmy, gospelem, instrumentální a etnickou hudbou. Během deseti ročníků mezinárodního festivalu židovské hudby Mazif, který založila a pořádala jeho manželka Blanka Vogelová, se každoročně uskutečnila jedna premiéra jeho nově napsané symfonie.
V roce 2018 to třeba byla skladba Opus pro Franze Kafku, v níž byla symfonicky ztvárněná Kafkova literární díla Zámek, Proces a Proměna. Dalšími tématy těchto Vogelových děl byl třeba britský zachránce převážně židovských dětí Nicolas Winton, spisovatel Arnošt Lustig nebo výročí státu Izrael.
