Ilja Hurník se narodil 25. listopadu 1922 v Porubě, která je dnes součástí Ostravy, do učitelské rodiny. Od šesti let se učil hrát na klavír. První skladby začal komponovat ve svých jedenácti letech. V té době ho velmi podporovala spisovatelka Maria Stona, která Hurníka pravidelně zvala na svůj zámek ve slezských Třebotovicích, aby předvedl svůj um před jejími hosty. Ve svých dvanácti letech poprvé vystoupil v ostravském rozhlase. Studoval v Ostravě na Matičním gymnáziu.
Ilja Hurník musel s celou svou rodinou v roce 1938 utéct do Prahy před sudetským záborem. Tato nelehká situace mu paradoxně umělecky pomohla – mohl v Praze docházet na konzervatoř, kde studoval hru na klavír u Viléma Kurze (který učil také Rudolfa Firkušného, Františka Maxiána a Gideona Kleina) a kompozici u skladatele Vítězslava Nováka. V roce 1952 absolvoval Akademii múzických umění v Praze, kde studoval hru na klavír u Ilony Štěpánové-Kurzové.
V šedesátých letech se stále častěji věnoval koncertní činnosti. Jako klavírista koncertoval i v zahraničí, vynikal převážně v interpretaci děl Clauda Debussyho a Leoše Janáčka. V letech 1958–1978 byl sólistou Janáčkovy filharmonie Ostrava. S Pavlem Štěpánem na koncertech pravidelně hráli čtyřruční klavírní skladby, později také vystupoval se svou manželkou Janou Hurníkovou (rozenou Roubalovou). V komorní hudbě spolupracoval se Smetanovým kvartetem.
Od roku 1970 působil jako pedagog na Pražské konzervatoři a v letech 1979–1979 na Vysoké škole múzických umění v Bratislavě, kde učil kompozici a hru na klavír. Později také učil na Ostravské univerzitě.
Jeho díla jsou inspirovaná lidovou slezskou intonací a antickými a biblickými náměty, vyznačují se velkou dávkou humoru a vytříbenou formou. Nevyhýbal se ani písním pro děti, zkomponoval například známou píseň Zasadím jablůňku. Mezi jeho největší úspěchy můžeme zařadit cyklus esejí Umění poslouchat hudbu. Zkomponoval pět oper a dva balety (Ondráš, 1950), symfonii, smyčcový koncert, koncert pro dechové nástroje a tympány, koncert pro hoboj, cembalo a smyčce, komorní skladby, tři varhanní sonáty, klavírní skladby, písně a písňové cykly (Šulamít, Sezonní madrigaly), oratorium (Noé, Missa Vinea Crucis), mši a několik kantát (Maryka, Ezop, Letnice, Šalamoun…).
Mezi jeho opery patří Dáma a lupiči, která měla premiéru v Plzni 17. prosince 1966, opera o jednom dějství Diogenes premiérovaná 24. února 1976 v brněnské Redutě, komická opera o třech obrazech Rybáři v síti premiérovaná 4. června 1983 v plzeňském Komorním divadle a komická opera o třech dějstvích Oldřich a Boženka, která měla premiéru 1. června 1997 v brněnské Komorní opeře JAMU. V roce 1987 napsal operu pro dětský sbor Permoník z Karviné Co pohádka zatajila (provedena byla až v roce 1991). Pro svého syna Lukáše zkomponoval cyklus jednoduchých klavírních skladeb Voršilská ulička (1976), později napsal i druhý díl.
Jeho Sonata da camera pro flétnu, hoboj, violoncello a cembalo z roku 1952 byla nahrána u Cedille Records. Profilové CD Supraphonu z roku 2008 obsahuje dvě Hurníkovy instrumentální skladby: baletní hudbu Ondráš z roku 1951 a komorní suitu Čtvero ročních dob z roku 1952. Obě jsou provedeny Českou filharmonií pod vedením Karla Ančerla.
Ilja Hurník je autorem více než dvaceti knih vydaných v Praze v letech 1965–2012. Vydal knihy povídek z hudební sféry (Trubači z Jericha, Kapitolské husy, Muzikální Sherlock, Cesta s motýlkem, Lístky vavřínové, Neveselé žalozpěvy…). Dále napsal memoár Dětství ve Slezsku, kde přibližuje své mládí. Mimo jiné sepsal i Školu čtyřruční hry. Jako dramatik působil v rozhlasových hrách pro Český rozhlas.
Získal mimo jiné Komenského medaili ministerstva školství, Cenu Classic Českého hudebního fondu, Zlatou medaili Akademie múzických umění, Cenu zasloužilého umělce a Grand Prix. Prezident České republiky Václav Klaus mu 28. října 2007 udělil Státní vyznamenání Za zásluhy o stát v oblasti kultury a umění.
Jeho syn Lukáš Hurník je rovněž hudebním skladatelem. Ilja Hurník byl švagrem skladatele Petra Ebena a strýcem herce, moderátora a skladatele Marka Ebena, muzikologa Davida Ebena a informatika Kryštofa Ebena.
Zemřel 7. září 2013 v Praze ve věku devadesát let. Je pohřben v hrobě s Petrem Ebenem na Vyšehradském Slavíně.
