Krátce po narození Johanna Christopha Bacha se jeho rodina přestěhovala z Erfurtu do Eisenachu, kde se o čtrnáct let později jako poslední dítě narodil jeho bratr, slavný skladatel, varhaník a kantor Johann Sebastian Bach. Ve svých patnácti letech byl Johann Christoph vyslán zpět do Erfurtu, aby započal tříleté studium u německého barokního skladatele a varhaníka Johanna Pachelbela. Během studií se stal krátce varhaníkem v chrámu sv. Tomáše, poté žil několik měsíců s příbuznými v Arnstadtu. Ve svých devatenácti letech byl varhaníkem v kostele sv. Michaela v Ohrdrufu.
Oženil se v říjnu 1694 s Dorotheou von Hof. Téhož roku zemřela jeho matka Maria Elisabeth Lämmerhirt a o rok později v březnu i otec Johann Ambrosius Bach, a tak se Johann Christoph ujal svých mladších bratrů – Johannu Jacobovi bylo v té době třináct let a Johannu Sebastianovi téměř deset let. Johanna Sebastiana učil na klávesové nástroje právě jeho starší bratr Johann Christoph. Později Johann Sebastian složil pro svého nejstaršího bratra Capriccio, BWV 993.
Johann Christoph se svou ženou zplodil celkem osm dětí: Christiana Sophia (*1697), Johann Bernhard (1700–1743), Johann Christoph (1702–1756), Johanna Maria (*1705), Johann Heinrich (1707–1782), Magdalena Elisabeth (*1710), Johann Andreas (1713–1779), Johann Sebastian (zemřel jako dítě *1713). Všichni synové se věnovali hudbě. Johann Bernhard byl varhaníkem u sv. Michala v Ohrdrufu, Johann Christoph kantorem a učitelem v Ohrdrufu, Johann Heinrich kantorem v Öhringenu a Johann Andreas varhaníkem a učitelem v Ohrdrufu.
