Karel Paukert se narodil 1. ledna 1935 ve východočeské Skutči. Hudba ho provázela od dětství, studoval na Pražské konzervatoři a mimo jiné i na Královské konzervatoři v Gentu. Do Spojených států emigroval v roce 1964. V nové zemi se rychle prosadil jako výrazný interpret klasické i soudobé varhanní hudby. Jeho prvním angažmá ve Spojených státech amerických byla pozice asistenta na Washingtonově univerzitě v Saint Louis, poté se stal profesorem varhanní hry na Northwestern v Evanstonu v Chicagu. Od roku 1974 do 2004 zastával funkci ředitele hudební sekce v Clevelandském Museum of Art. Od roku 1976 vyučoval na Hudebním institutu v Clevelandu, kde byl rovněž varhaníkem a sbormistrem v kostele sv. Pavla. Po roce 1989 se začal pravidelně vracet do Čech.
Výjimečné místo zaujímal i jako organizátor kulturního života. Po více než dvě dekády působil jako kurátor hudebních programů v Cleveland Museum of Art, kde vytvořil progresivní koncertní sérii zaměřenou nejen na klasickou hudbu, ale i na experimentální žánry. Měl schopnost propojovat svět velkých mistrů s živým duchem současnosti. S respektem k minulosti a otevřeností k novému přiváděl na pódia umělce z celého světa – a stejně tak dával prostor začínajícím talentům.
Byl vyznamenán uznáním Americké společnosti skladatelů a nakladatelů za propagaci soudobé hudby (ASCAP), za celoživotní přínos v oblasti hudby obdržel cenu časopisu Northern Ohio Live a uznání „Významný občan” University Heights v Ohiu. Dne 13. října 2022 obdržel čestný titul doctor honoris causa na Akademii múzických umění v Praze. Čestný doktorát je spolu se jmenováním profesorem a Zlatou medailí rektorky AMU nejvyšším oceněním života a díla, které univerzita uděluje. Titul obdržel za svůj zásadní přínos v oblasti rozvoje oboru varhanní hry a šíření a propagace české hudby v zahraničí. Poté dostal ještě Cenu Ministerstva kultury za přínos v oblasti hudby.
Na sklonku žil v Clevelandu, vyučoval varhanní hru, koncertuje a psal knihu Paměti, ve které se vracel ke vzpomínkám na dětství a na své hudební kořeny, k osudovým setkáním i touze po svobodě.
Karel Paukert zemřel ve věku 90 let 30. dubna 2025
