Michael Schultheis, známý pod latinskou obdobou svého příjmení jako Michael Praetorius, se narodil v roce 1571 v durynském Creuzburgu jako nejmladší syn luteránského kněze. Vyrůstal v Torgau, kde navštěvoval proslulou evangelickou školu, a své vzdělání dokončil studiem teologie a filozofie na univerzitě ve Frankfurtu nad Odrou. Ještě jako student si začal přivydělávat hrou na varhany v tamějším Mariánském kostele a po dokončení studia se stal jeho hlavním varhaníkem.
Po několika letech ve Frankfurtu nastoupil do služby Brunšvicko-Lüneburského vévody Jindřicha Juliuse. Během jeho působení v kapele na vévodově dvoře ve Wolfenbüttelu se Praetorius začal naplno věnovat kompozici. Jeho nejstarší dochované skladby se datují lety 1602/1603 a jedná se především o sborovou duchovní hudbu. Praetoriova moteta z tohoto období jsou jedny z prvních německých skladeb, ve kterých se začaly objevovat kompoziční prvky raného italského baroka.
V roce 1604 byl Praetorius jmenován dvorním kapelníkem. V této době vzniklo jeho rozsahově největší dílo, devítisvazková sbírka Musae Sionaiae obsahující přes 1200 duchovních skladeb. Vznikly převážně na objednávku vévodkyně Alžběty Dánské, spravující vévodství během Jindřichovy nepřítomnosti, a oproti jeho dřívějším kompozicím silněji podléhají zvyklostem dobové luteránské duchovní hudby. V roce 1612 Praetorius vydal Terpsichore, sbírku vlastních aranžmá přes 300 převážně francouzských instrumentálních tanců, které jsou dnes paří mezi jeho nejznámější díla.
Vévoda Jindřich Julius zemřel v roce 1613. V té době už byl Michael Praetorius jedním z nejznámějších německých hudebníků, a přestože dále působil jako kapelník na wolfenbüttelském dvoře, začal v této době více cestovat a jako host vystupoval s orchestry v Drážďanech, Magdeburgu, Lipsku, Nurenburgu, Bayreuthu a mnoha dalších městech.
V letech 1614-1620 také pracoval na svém historicky nejvýznamnějším díle, obsáhlém pojednání o hudební historii a soudobé praxi Syntagma Musicum. Z plánovaných čtyř knih se Praetoriovi podařilo dokončit pouze tři – Musicae artis analecta, zabývající se vývojem světské a duchovní hudby, De Organographia, která se věnuje dobovým hudebním nástrojům, a Termini musicali, pojednání o profesionální kompoziční terminologii, notaci a praxi. Všechny tři knihy jsou považovány za nesmírně cenné historické zdroje, především pak De Organographia, která byla doplněna sérií dřevorytů vyobrazujících tehdejší hudební nástroje v nebývalém detailu.
V jeho pozdních skladbách, shromážděných ve sbírkách Polyhymnia caduceatrix (1619), Polyhymnia exercitatrix (1620) a Puericinium (1621), se silně projevují prvky typické pro barokní hudbu a vliv italských skladatelů, s jejichž dílem se Praetorius setkával během svých cest.
Michael Praetorius zemřel ve věku pravděpodobně nedožitých 50 let 15. února 1621 ve Wolfenbüttelu a byl pochován v klenbě pod varhanami ve wolfenbüttelském Mariánském kostele, poblíž těla vévody Jindřicha Juliuse.
